Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου, όπως όλα τα ακαδημαϊκά τμήματα στην Ελλάδα, λειτουργεί βάσει ενός συστήματος διοίκησης που εξασφαλίζει την ομαλή λειτουργία και την επίτευξη των εκπαιδευτικών και ερευνητικών στόχων του. Κύριο όργανο διοίκησης του Τμήματος είναι η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.), στην οποία συμμετέχουν όλα τα μέλη του Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού (Δ.Ε.Π.), εκπρόσωποι των φοιτητών και εκπρόσωποι του διοικητικού προσωπικού. Η Γ.Σ. αποτελεί το ανώτατο αποφασιστικό όργανο του Τμήματος και έχει την ευθύνη για όλα τα θέματα που αφορούν τη λειτουργία του.

Επιπλέον, το Τμήμα διοικείται από τον Πρόεδρο και τον Αναπληρωτή Πρόεδρο, οι οποίοι εκλέγονται από τα μέλη Δ.Ε.Π. για θητεία συγκεκριμένης διάρκειας. Ο Πρόεδρος είναι υπεύθυνος για την υλοποίηση των αποφάσεων της Γ.Σ. και τη γενικότερη εποπτεία των ακαδημαϊκών και διοικητικών δραστηριοτήτων.

Το Τμήμα διαθέτει επίσης διάφορες επιτροπές, οι οποίες βοηθούν στη διαχείριση εξειδικευμένων θεμάτων, όπως η Επιτροπή Προπτυχιακών Σπουδών, η οποία επιβλέπει την εκπαιδευτική διαδικασία και τα προγράμματα σπουδών. Αυτές οι επιτροπές συμβάλλουν στην εξειδίκευση και βελτιστοποίηση των διαδικασιών, εξασφαλίζοντας ότι το Τμήμα λειτουργεί αποτελεσματικά και με υψηλά ακαδημαϊκά πρότυπα.